استقرار و تثبیت نظام جمهوری اسلامی
نظام جمهوری اسلامی طی چند گام شکل گرفت. در ۱۰ و ۱۱ فروردین ۱۳۵۸ همهپرسی تعیین نظام برگزار شد و در ۱۲ فروردین (روز جمهوری اسلامی) بیش از ۹۸٪ آرا به جمهوری اسلامی اعلام شد. مردم ۷۲ نماینده مجلس خبرگان قانون اساسی را برگزیدند که از مرداد ۱۳۵۸ تدوین قانون اساسی را آغاز کرد و متن نهایی در آذر همان سال به تأیید مردم رسید.
تسخیر لانه جاسوسی و شکلگیری دولت دائم
در ۱۳ آبان ۱۳۵۸ دانشجویان پیرو خط امام، در واکنش به دشمنیهای آمریکا و ورود شاه به این کشور، سفارت آمریکا را تسخیر کردند؛ امام این اقدام را تأیید و «انقلاب دوم» نامید. در پی آن، بازرگان و کابینهاش که مخالف بودند استعفا دادند و شورای انقلاب اداره کشور را برعهده گرفت. در بهمن ۱۳۵۸ ابوالحسن بنیصدر بهعنوان اولین رئیسجمهور انتخاب شد و پس از انتخابات مجلس در اسفند همان سال، محمدعلی رجایی با رأی اعتماد مجلس نخستوزیر شد و دولت دائم مدیریت کشور را از شورای انقلاب تحویل گرفت. همزمان نهادهای انقلابی مانند کمیته انقلاب اسلامی، سپاه پاسداران، جهاد سازندگی، کمیته امداد امام خمینی، بنیاد شهید، بنیاد مسکن و نهضت سوادآموزی برای حفظ نظم و بازسازی کشور تأسیس شدند؛ اولین نماز جمعه پس از انقلاب هم به امامت آیتالله طالقانی در تهران برگزار شد.
توطئههای داخلی و خارجی
نظام نوپا با موج گستردهای از توطئه روبرو شد: آشوب در کردستان، خوزستان، سیستان و ترکمنصحرا با حمایت خارجی؛ ترور شخصیتهای انقلابی توسط گروه فرقان (سپهبد قرنی، آیتالله مطهری، دکتر مفتح و حاج مهدی عراقی) و سپس سازمان مجاهدین خلق (منافقین) که در انفجارهای دفتر حزب جمهوری اسلامی (۷ تیر ۱۳۶۰، شهادت آیتالله بهشتی و ۷۲ تن) و دفتر نخستوزیری (۸ شهریور ۱۳۶۰، شهادت رجایی و باهنر) به اوج رسید و امامان جمعه چند شهر را نیز هدف گرفت. آمریکا در ۵ اردیبهشت ۱۳۵۹ عملیات نظامی طبس را برای آزادسازی گروگانها اجرا کرد که با توفان شن و سقوط بالگردها شکست خورد؛ کودتای نافرجام نوژه (تیر ۱۳۵۹) با پشتیبانی سیا و عراق، و توطئه کودتای حزب توده نیز کشف و خنثی شدند. در کنار اینها، دشمن با نفوذ فردی و جریانی میکوشید افکار عمومی و نخبگان را بدون آنکه خود بدانند، در خدمت اهدافش قرار دهد.
تثبیت نظام
بنیصدر که فرماندهی کل قوا را هم برعهده داشت، از پذیرش رجایی به نخستوزیری امتناع کرد، بهتدریج از خط امام فاصله گرفت و به منافقین نزدیک شد، سپاه را در تنگنای مالی و تسلیحاتی قرار داد و به سقوط خرمشهر دامن زد؛ امام او را از فرماندهی کل قوا برکنار کرد، مجلس در خرداد ۱۳۶۰ به عدم کفایت سیاسیاش رأی داد و امام این رأی را تأیید کرد. پس از او محمدعلی رجایی دومین رئیسجمهور شد و در همان سال به شهادت رسید؛ سپس آیتالله سید علی خامنهای در دو دوره متوالی (۱۳۶۰–۱۳۶۸) ریاست جمهوری را برعهده گرفت و میرحسین موسوی را برای نخستوزیری معرفی کرد — دورانی که با ثبات سیاسی بیشتر، اداره موفقتر جنگ و بازگشایی دانشگاهها در مهر ۱۳۶۲ همراه بود. برای حل اختلاف میان مجلس و شورای نگهبان نیز مجمع تشخیص مصلحت نظام به فرمان امام تشکیل شد.
ارتحال امام و بازنگری قانون اساسی
امام خمینی در ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ در ۸۷ سالگی درگذشت و پیکرش در بهشت زهرا به خاک سپرده شد؛ یک روز بعد مجلس خبرگان رهبری، آیتالله خامنهای را با اکثریت قریب به اتفاق آرا به رهبری برگزید. پیش از آن، به دستور امام، هیئتی مأمور بازنگری قانون اساسی شده بود که مهمترین نتایجش حذف منصب نخستوزیری (و واگذاری ریاست دولت به رئیسجمهور) و حذف شرط مرجعیت از شرایط رهبری بود؛ این اصلاحات در ۶ مرداد ۱۳۶۸ به تأیید مردم رسید و همزمان هاشمی رفسنجانی چهارمین رئیسجمهور شد.